本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后,武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜,在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后,游戏等人重新回归平凡的生活。然而,一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面,将暗游戏视为劲敌的海马濑人,在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成,试图再度复活暗游戏。
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